Después de la II Guerra, los juicios de Nüremberg y la invasión de los judíos a suelo palestino, la iglesia católica se vio obligada a reformar su visión de mundo asumiendo el aggiornamento o renovación eclesial. En 1961 se cumplían 71 años de la encíclica Rerun Novarum publicada en 1891 por el Papa León XIII, que aludía al verdadero sentido del trabajo humano. Aquella conmemoración sirvió como antecedente para que el Papa Juan XXIII convocara a la celebración del Concilio Vaticano II que dio inicio en 1962. Las predicaciones dominicales del padre Romero se apegaban a dicha encíclica y exhortaba a los ricos para que adoptaran una actitud más cristiana con sus trabajadores. Por dicho motivo y otros, en 1964 el gobierno militar de Julio Adalberto Rivera acusó al padre Romero de interferir en asuntos políticos, amenazándolo con llevarlo a los tribunales.

El teniente coronel Julio Adalberto Rivera había sido fundador del Partido de Conciliación Nacional PCN, con ideología de extrema derecha. Los militares le tenían ojeriza a su mayor contrincante que era el PDC Partido Demócrata Cristiano de tendencia centrista, internacionalista y en apariencia más cristiano que el Papa. Este olor de sotanas no gustaba mucho a los militares.

En San Miguel, otro escándalo que provocó el padre Romero fue en 1962, al enfrentarse contra el alcalde y los comerciantes de los grandes almacenes que pretendían producir un carnaval el 21 de noviembre aprovechando la celebración religiosa de la Virgen de la Paz. Al final no logró que se suspendiera aquella manifestación pagana, pero negoció que el mentado carnaval se realizará tres días después.

Mientras tanto, al tiempo que en 1963 Roberto se graduaba en San Salvador como subteniente, en San Miguel el padre Romero emprendía una campaña para regularizar las uniones conyugales de hecho llamadas concubinatos. El alcalde no quiso colaborar y entonces el cura Romero decidió efectuar los matrimonios religiosos sin esperar el acta del matrimonio civil. Aquel otro escándalo trascendió la pequeña jurisdicción de San Miguel, produciendo reacciones en la capital a nivel de la jurisprudencia nacional.

El cura Romero no guardaba tampoco buenas relaciones con el clero de San Miguel. Algunos lo tildaban de loco. Periódicamente consultaba con un psicólogo y este le decía que era demasiado compulsivo y un obsesivo perfeccionista. A mediados de los años sesenta Romero era considerado en San Miguel el sacerdote más activo y más culto de la diócesis. Por tanto, había bastante gente envidiosa que no lo quería.