En mayo de 1979 monseñor Romero viaja al Vaticano en su tercera visita pastoral como arzobispo, invitado por las hermanas dominicas con motivo de la beatificación del padre Francisco Coll. Su propósito principal era reunirse con Juan Pablo II para exponerle personalmente y con documentos la realidad de represión que sufría el país como pueblo y como iglesia. Pero en Roma se topó con una serie de valladares que le dificultaron en un primer momento lograr una audiencia con Su Santidad. Desde que llegó a Roma comenzó las gestiones para lograr la reunión con el Papa, no obstante cumplir con aquel propósito no era tarea fácil. Mientras surgía la posibilidad de lograr audiencia con el Papa, monseñor Romero aprovechó para acudir al sastre y con el apoyo de las hermanas dominicas adquirió un báculo nuevo como el que utilizaba Paulo VI. De hinojos en la capilla de San Pedro le pedía a Dios le concediese la audiencia con el Papa y una mañana saliendo del templo al elevar al cielo su rostro de quijada prominente, se encontró con el Pantocrátor en el tímpano del edificio que con su mano derecha elevada al cielo parecía decirle no pierdas la fe. Aquella misma tarde monseñor Martin, uno de los encargados de las audiencias con el Papa, le notificó que el pontífice lo recibiría al mediodía del lunes 7 de mayo en audiencia privada.

Uno de los puntos que el Papa mencionó en aquella audiencia fue el informe de monseñor Quarrancino en el que sugería nombrar un administrador apostólico, sede plena, como solución a las deficiencias pastorales y a la falta de unidad entre los obispos de El Salvador. No obstante Juan Pablo II no estaba como muy dispuesto a cumplir con aquella recomendación, lo cual quedó claro en una reunión que Romero sostuvo un día después con el cardenal Baggio, quien le expresó que aquella sugerencia era poco práctica. Con Baggio también abordó el caso de la destitución de monseñor Revelo como obispo auxiliar y vicario general por el caso Caritas, debido al grave abuso de Revelo al tomarse atribuciones respecto al cambio de estatutos del organismo pastoral que correspondían de manera privativa al arzobispo.

Mientras el arzobispo Romero se encontraba en Roma, el 8 de mayo, un día después de que al arzobispo se reuniera con el Papa, el ejército había masacrado otra manifestación del Bloque Popular frente a catedral metropolitana en San Salvador sobre el kilómetro cero de la ciudad. Como resultado hubo alrededor de 25 muertos y muchos heridos.

Por aquellos días, el mayor Roberto en los primeros meses de 1979 había sido transferido a la Agencia Nacional de Servicios Especiales ANSESAL, como asistente del director, coronel Roberto Eulalio Santibáñez. Se trataba de una dependencia de inteligencia encargada de espiar a los comunistas y sospechosos de serlo. Rumores había de que al interior del ejército algo se estaba cocinando y por ello el presidente Romero Mena movía sus piezas estratégicas, pero en medio de tanta represión hacia la población, de tanto terrorismo de estado, se hacía difícil detectar por dónde podía venir el pencazo. El mayor Roberto era sagaz, sin embargo, sus pesquisas se limitaban al exterior del ejército. Hacia adentro de la institución aparentemente todo funcionaba normal, excepto uno que otro oficial que a veces al calor de los tragos hacía comentarios fuera de lugar, sobre todo por asuntos administrativos que apenas ameritaban llamadas de atención y a veces hasta suspensión de licencias. El Mayor manejaba una lista de dichos oficiales y los vigilaba constantemente, pero ninguno en realidad representaba peligro ni daba muestras de conspiración ni mucho menos sublevación.

Periódicamente ANSESAL recibía reportes de la Administración Nacional de Telecomunicaciones ANTEL, desde donde se intervenían los teléfonos de los opositores, curas, estudiantes, maestros, obreros y militares que representaban posibilidad de desestabilización. No obstante, la culpa era el riesgo más grande del presidente y sus secuaces. El que las debe las teme y eran los fantasmas de sus víctimas quienes acechaban por las noches y espantaban el sueño. Romero Mena despertaba agitado en las madrugadas luego de escuchar en rever la voz del arzobispo llamándolo mentiroso. Aquellas pesadillas lo mantenían de mal humor todo el día y era su esposa Gloria la primera víctima de su cólera. Tantas veces el chele Roberto le había sugerido liquidar al cura, pero el presidente se negaba por temor a la presión internacional, pero sobre todo por temor a los gringos. Mejor los otros curas, le decía, pero no el arzobispo, no todavía.

Así entonces los escuadrones de la muerte continuaron asesinando a sacerdotes, maestros, obreros y todos aquellos que aparecían en las listas macabras de ANSESAL. El 20 de julio de 1979 fue ultimado el padre Rafael Palacios. Era el quinto cura víctima de los esbirros del gobierno y la oligarquía que pretendían aplastar a toda costa la línea pastoral de Medellín y Puebla, que más allá o más acá de la simple devoción de rezar el Padre Nuestro y el Ave María, fomentaba la solidaridad en la opción preferencial por los pobres en el proceso de la nueva iglesia latinoamericana. Un carro le salió al paso en una calle de Santa Tecla. Cuatro hombres lo quisieron someter y llevárselo a la fuerza, pero Rafael Palacios opuso resistencia. Fue entonces que comenzaron a golpearlo bestialmente y luego le dispararon a mansalva cerca de quince balazos más el tiro de gracia. Lo dejaron tirado ahí en un charco de sangre ante el terror de los transeúntes que espantados observaban aquella escena pavorosa. Palacios tenía 41 años.