Por razones de seguridad el Mayor se muda a Guatemala donde contacta con Mario Sandoval «el Mico» Alarcón —un político y anticomunista reconocido a nivel mundial— quien lo asesora y le ayuda a conseguir recursos para su causa. Sandoval Alarcón había apoyado el derrocamiento de Jacobo Arbenz en 1954, cuando el Mayor tenía apenas 11 años.

En Guatemala el mayor grababa en video sus programas de guerra psicológica y los enviaba a El Salvador donde eran transmitidos por los canales de don Boris Eserski. No obstante, Roberto ingresaba a El Salvador de incógnito con documentos falsos cuántas veces necesitaba venir. Se convertía entonces en el ingeniero González. En las fronteras siempre había gente del Ejército que lo ayudaba para entrar y salir del país sin obstáculos. Venía a organizar los escuadrones y a preparar el golpe de Estado contra la junta de gobierno.

Al caer el régimen de Romero Mena, obviamente el ministro de defensa coronel Federico Castillo Yanes también tuvo que salir exiliado, y en su lugar los militares de la Junta nombraron en el puesto al general José Guillermo García, un militar de ultraderecha que había apoyado el golpe. Caro pagarían los golpistas de manera especial el coronel Majano, haber designado a Guillermo García como nuevo ministro de defensa.

El arzobispo monseñor Romero dio a los golpistas el beneficio de la duda. Quiso ver el prelado una luz que iluminara la esperanza. Pronto esa luz se fue disipando, volviendo opaca. Por su posición condescendiente con los golpistas, monseñor Romero recibió muchas críticas, tuvo que enfrentarse a comunidades y sacerdotes que lo acusaban de haber bendecido al nuevo gobierno. Tampoco las organizaciones sociales mucho menos los grupos guerrilleros creían en las buenas intenciones del Ejército. Solo ver a Guillermo García coludido con Abdul Gutiérrez no pronosticaba nada bueno. El padre Jon Sobrino recuerda en un libro la fuerte discusión que por lo mismo tuvo el sacerdote belga Rogelio Ponseele con el arzobispo.

Aquella tenue estrella de la esperanza continuó apagándose en los últimos días de octubre y primeros de noviembre. El 29 de octubre a escasos catorce días del golpe, las Ligas Populares 28 de febrero se manifestaban sobre las calles de San Salvador exigiendo el cese de la represión del Ejército. Francotiradores comenzaron a disparar sobre la multitud y los primeros en caer fueron los que iban adelante sosteniendo las pancartas. Los manifestantes lograron rescatar de las calles 21 cuerpos y los llevaron a la iglesia El Rosario frente a plaza Libertad. Aquella noche el arzobispo cenó con Fidel Chávez Mena y el ingeniero José Napoleón Duarte que acababa de regresar de su destierro en Venezuela. El Ejército tenía sitiado el casco de la ciudad y no permitió que los muertos de las Ligas fueran sepultados en el cementerio general, de tal suerte que el sepelio con sus veintiún muertos tuvo que regresar a la parroquia. Los cadáveres comenzaban a descomponerse, la nariz lo decía. Además, las organizaciones tenían tomados los ministerios de trabajo y economía y también catedral metropolitana. San Salvador hervía.

Dos años antes el 28 de febrero de 1977, las Ligas también habían sido reprimidas en ese mismo lugar frente a plaza Libertad. Adentro del templo aquel 1 de noviembre de 1979, los de las Ligas detectaron un guardia infiltrado que de inmediato fue sometido. El capitán Denis Morán que comandaba la tropa represiva, había trabajado con el mayor Roberto en la Guardia Nacional, y en aquel momento para rescatar a uno de sus hombres estaba pensando invadir el templo con un par de tanquetas. En eso apareció el arzobispo Romero para mediar y evitar más represión. El capitán Morán y otros guardias se comportaron irrespetuosos y ofensivos con el arzobispo. Monseñor Romero acompañado de monseñor Urioste y el padre Rogelio Esquivel, trémulos pero decididos entraron a platicar con los dirigentes de las Ligas, quienes, a través de un acta avalada por Marianela García Villas, directora de la Comisión de Derechos Humanos, accedieron liberar al guardia a cambio de que el Ejército eliminara el cerco que los tenía atrapados. Contraviniendo el derecho canónico los veintiún cadáveres en plena descomposición fueron sepultados al interior del templo, porque desde luego el Ejército mantuvo el cerco en el centro histórico de San Salvador.