Durante seis años consecutivos, José Napoleón Duarte fue alcalde de San Salvador (1964-1970). Con Duarte aunque no me harte, era el estribillo que repetía la gente de la capital que votaba por él. En 1972 ganó la presidencia de la república al frente de la Unión Nacional Opositora, pero los militares asestaron un golpe de estado y el ingeniero tuvo que salir al exilio con rumbo a Venezuela. A los siete años regresó al país luego del golpe de estado contra el general Romero Mena, asumiendo la presidencia de la tercera Junta de Gobierno, cuya labor había sido minada por las presiones y desacuerdos internos. En 1984 se convirtió en presidente de la república en competencia contra el Mayor. En su vida profesional como ingeniero civil, Duarte construyó para los salesianos la iglesia María Auxiliadora y con su suegro José María Durán había trabajado en la construcción de la nueva catedral metropolitana que estaba inconclusa, según los planos del arquitecto alemán Dominikus Böhm. Uno de sus propósitos como jefe de gobierno en 1984, era poner fin a la guerra, y fue entonces cuando el 15 de octubre de aquel año, en el quinto aniversario del derrocamiento de Romero Mena, se realizó en La Palma, Chalatenango, la primera reunión por la paz entre el gobierno y el FMLN. El Mayor por supuesto y la extrema derecha desestimaron aquel primer encuentro calificándolo como un show político. Luego, el 29 de noviembre, hubo otra reunión en el Centro Salesiano de Retiros ubicado en Ayagualo, acercamiento que tampoco fructificó.

El sábado 23 de marzo de 1985 la guerrilla ejecuta al general José Alberto Medrano, de 68 años, que había caído en el vicio del alcoholismo y la coca. Medrano había sido como un padre para Roberto cuando fue director de la Guardia Nacional. Una semana más tarde hubo nuevas elecciones para diputados y alcaldes, y fue en estos comicios que la Democracia Cristiana logró consolidar su hegemonía política, obteniendo 33 diputados en la asamblea y el 75% de las 262 alcaldías en el país. No obstante, el 10 de septiembre de 1985, las Fuerzas Armadas de Liberación FAL, uno de los grupos guerrilleros más pequeños que conformaban el FMLN, asestan un duro golpe al presidente Duarte al secuestrar a su hija mayor Inés Guadalupe Duarte Durán. Sin lugar a dudas aquello fue como un gancho al hígado del presidente. La guerrilla pretendía con dicha acción lograr la liberación de 22 presos políticos, entre ellos Nidia Díaz, militante del Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos PRTC, y 101 lisiados de guerra. Obviamente los sectores más radicales de la derecha se oponían al canje y el Mayor con una actitud en apariencia más conciliadora ofrece su apoyo al presidente.

Afectado todavía por el golpe propinado por la guerrilla con el secuestro de su hija, en noviembre de aquel año Duarte se reúne en la Costa del Sol con Luis Herrera Campins expresidente de Venezuela y presidente de la Organización Demócrata Cristiana de América, y Vinicio Cerezo, presidente de Guatemala. En aquella reunión nace la iniciativa de Esquipulas I y II, que era una instancia de continuación del grupo Contadora que había propuesto en enero de 1983 promover conjuntamente la paz en Centroamérica.

A estas alturas Roberto enfrentaba serias diferencias con la dirigencia de su partido, ya que se había distanciado con Hugo Barrera y Guillermo Sol Bang, fundadores de ARENA. Como resultado de aquellas contradicciones, a seis días del secuestro de la hija del presidente, el Mayor fue sustituido en la conducción de su partido por el empresario Alfredo Cristiani, concuño del ministro de Defensa, un hombre moderado y menos confrontativo. Roberto entonces es nombrado, como premio de consolación, presidente honorario y vitalicio de su partido.

En aquel impase político militar, el presidente Duarte con tal de preservar la vida de su hija, se dejó doblar el brazo y decidió pactar con la guerrilla. El jueves 24 de octubre, Inés Guadalupe es liberada en la localidad de Tenancingo. Fue un mes y medio de angustia que sin lugar a dudas afectó la salud del presidente.

Mientras tanto, algunos militares corruptos secuaces del Mayor y sin duda miembros de los escuadrones de la muerte, habían descubierto una mina de oro con el negocio de los secuestros. Oficiales como los coroneles Roberto Mauricio Staben y Juan Carlos Carrillo, los tenientes coroneles Luis Orlando Llovera Ballet y Joaquín Eduardo Zacapa, el mayor José Alfredo Jiménez, y los tenientes Rodolfo Isidro López Sibrián y Carlos Zacapa; andaban desatados secuestrando empresarios a diestra y siniestra, exigiendo jugosos rescates aprovechando el río revuelto de la guerra. Más adelante algunos de estos militares fueron descubiertos y detenidos, pero otros lograron escapar de la justicia. Los que fueron capturados confesaron que el líder máximo de los escuadrones era el Mayor, pero por ser diputado gozaba de fuero y por tanto era casi imposible procesarlo.

En el ínterin, por razones estratégicas al gobierno de Ronald Reagan le interesaba mantener la estabilidad de la región. Para ello indujo a los gobernantes de Centro América a rubricar un acuerdo que establecería los procedimientos para conseguir la paz firme y duradera en Centro América. Para tal efecto el 25 de mayo de 1986, se realizó una reunión a la que se llamó «Esquipulas I», a la cual asistieron cinco presidentes de Centroamérica. En dicha reunión se propuso la creación del Parlamento Centroamericano, con el objetivo de reforzar la participación democrática y pluralista en el proceso. Luego, en 1987, hubo otro encuentro al que se llamó «Esquipulas II» con el propósito de consolidar los procedimientos. El acuerdo de Esquipulas II fue firmado el viernes 7 de agosto de 1987 en Ciudad de Guatemala por el presidente de Guatemala, Vinicio Cerezo; el presidente de El Salvador, José Napoleón Duarte; el presidente de Nicaragua, Daniel Ortega; el presidente de Honduras, José Azcona Hoyo y el presidente de Costa Rica, Óscar Arias Sánchez. No obstante, el Gobierno de Reagan se negó a reconocer este acuerdo debido a la aceptación que el documento dispensaba al gobierno sandinista de Nicaragua, que los gringos consideraban como ilegítimo y no democrático.

Estos Acuerdos de Esquipulas sirvieron al presidente Óscar Arias para cabildear la concesión del Premio Nobel de la Paz en 1987, debido a la habilidad o más bien astucia política que mostró este mandatario en las negociaciones. Tiempo después el presidente Cerezo declaró que el premio debió ser conferido a los cinco presidentes firmantes, puesto que todos hicieron grandes esfuerzos para que los acuerdos se consolidaran. En este contexto, el jueves 15 de octubre del mismo año, el presidente Duarte, en un acto de entreguismo y sumisión total ante el imperio estampó un beso a la bandera gringa frente al presidente Reagan y las cámaras de todo el mundo lo registraron. Fue cuando el Mayor dijo en su mejor estilo jodarria que en aquel momento todos pensaron que el loco Duarte a sonarse los mocos iba con el pabellón.